Vladimir Šeks, potpredsjednik Hrvatskog sabora i jadan od najutjecajnijih političara vladajuće Hrvatske demokrate zajednice (HDZ) premijerke Jadranke Kosor, našao se u ozbiljnim nevoljama nakon što je Nicola Duckworth, programska direktorica Amnesty Internationala za Europu i središnju Aziju ustvrdila kako ta organizacija ima dovoljno dokaza temeljem kojih bi hrvatsku Tužilaštvo moglo započeti istragu o mogućoj Šeksovoj ulozi u ratnim zločinima koje je počinila hrvatska strana.

Ta ugledna organizacija svoj izvještaj o tome objavila je još početkom prosinca , navodeći da slična saznanja ima i o Tomislavu Merčepu, bivšem pomoćniku ministra unutarnjih poslova, kao i o umirovljenom admiralu Davoru Domazetu. Zanimljivo, samo dan nakon što je taj izvještaj objavljen, u Zagrebu je uhapšen i pritvoren Tomislav Merčep, pod sumnjom da je odgovoran za rane zločine koji su se prije 19 godina dogodili u Pakračkoj Poljani, u središnjoj Hrvatskoj. Šeks se tada nije oglasio, vjerojatno misleći kako će Amnesty biti zadovoljan Merčepovim uhićenjem, te da neće ponovno postavljati pitanje njegove odgovornosti. No, mjesec dana kasnije, 14. siječnja, zagrebački tjednik Novosti, objavio je veliki intervju s Nicolaom Duckworth , u kojem je ona ponovno spomenula Šeksa.

"Vjerujem kako već postoji dovoljno dokaza za pokretanje istrage [protiv Šeksa]. Dobro znamo od tužiteljstva sa suđenja Branimiru Glavašu da je Šeks svjedočio kako je bio u poziciji zapovijedanja u Osijeku 1991. godine, kada su počinjeni mnogi ratni zločini. To je temelj, dovoljan dokaz da se pokrene istraga protiv Šeksa, iako smo svjesni da se radi o vrlo utjecajnom političaru u Hrvatskoj", rekla je Duckworth iznoseći u intervjuu tjedniku Novosti stavove Amnesty Internationala.

Istoga dana Šeks se samoinicijativno uputio u Državno tužiteljstvo kako bi o svemu dao iskaz. Potom je, gostujući te večeri u vijestima Hrvatske televizije, rekao da nema nikakvih razloga za njegovim kaznenim progonom, te da će to, posebnim priopćenjem, potvrditi i Državno tužilaštvo. No, ovi to, ni do danas, nisu učinili.

Međutim, hrvatsko je Ministarstvo pravosuđa 18. siječnja potvrdilo da je istraga pokrenuta protiv Davora Domazeta zbog sumnje da je odgovoran za ratne zločine. Iako on nije uhićen kao što se to dogodilo s Merčepom, najslabijom karikom među onima koje spominje AI, istraga protiv dvojice osoba koje je u izvještaju spomenuo Amnesty International, Šeksa ne ostavlja spokojnim. Tim prije što je Amnesty International, priopćenjem od 17. siječnja , treći put u mjesec i pol, ponovio tvrdnje vezane uz Šeksa. To je više nego jasna poruka, koju će hrvatske vlasti morati uzeti ozbiljno, budući da je isto izvješće Amnesty poslao i u Bruxelles gdje je na stolu teško pregovaračko poglavlje o hrvatskom pravosuđu i temeljnim pravima koje se smatra ključnim za toliko željeno okončanje pristupnih pregovora Hrvatske s Europskim Unijom, koje Zagreb kani okončati potkraj lipnja.

Šeks bi se tako, posve nenadano, mogao pojaviti kako prepreka tom najvećem vanjskopolitičkom cilju premijerke Jadranke Kosor – okončanju pristupnih pregovora o ulasku zemlje u EU. Problem je tim teži što je Šeks u ovom trenutku, jedan od najjačih ljudi HDZ-a, koji čuva leđa premijerki Kosor.

Šeks je početkom rata u Hrvatskoj bio predsjednik Kriznog stožera za istočnu Slavoniju, području na kojem je živjelo oko milijun stanovnika i koje se izravno doticalo sa Srbijom. Uloga kriznih stožera nije bila precizno definirana i u to ratno vrijeme njeni su članovi uzimali široke ovlasti u obrambenim pripremama i vojnim akcijama. Šeks je sam, u to vrijeme, govoreći na Hrvatskoj televiziji, odjeven u maskirnu uniformu, to potvrdio, rekavši: "Sve postrojbe Republike Hrvatske na području grada Osijeka postupat će i djelovati u skladu s odlukama Kriznog štaba". Ta rečenica, ali i druge odluke koje je donosio Krizni štab na čijem je čelu Šeks bio, svjedoči da su ta tijela imala zapovjedne nadležnosti.

Šeks sada, suočen s optužbama Amnesty Internationala, pokušava relativizirati svoju ratnu ulogu. On tvrdi da je u ratu, kao predsjednik Kriznog stožera, obavljao isključivo civilnu funkciju, bez ikakvih vojnih ili zapovjednih nadležnosti. No, istodobno, Šeks ima čin general-bojnika Hrvatske vojske, te status branitelja u Domovinskom ratu, ali i više odličja koja se daju za ratne zasluge. Generalom ga je imenovao tadašnji hrvatski predsjednik Franjo Tuđman, 5. ožujka 1993., a njegov borački staž, službeno, vodi se od 15. listopada 1990. do 30. rujna iste godine, s tim što je posljednja tri mjeseca bio u Zapovjedništvu Zbornog područja Oružanih snaga u Osijeku.

Upravo u Osijeku su se tokom rata 1991. i 1992. dogodili ratni zločini zbog kojih je – u to vrijeme bliski Šeksov suradnik, Branimir Glavaš, također general Hrvatske vojske, osuđen na osam godina zatvora. Tijekom istrage i suđenja, Glavaš je u više navrata govorio da je Šeksov ratni ured bio samo kat iznad njegovog, aludirajući da je i Šeks morao znati za sve ono zbog čega je Glavašu suđeno.

Upravo te činjenice Amnesty International imao je kada je izašao s tvrdnjama da bi državni tužitelj trebao pokrenuti istragu protiv Šeksa. On odbacuje sve optužbe, tvrdeći kako je u ratu bio samo civil. Čin generala Hrvatske vojske, kojeg je prigrabio želeći osigurati svoj dio ratne slave, sada mu je postao teret.